平菇在栽培过程中可能会遇到多种病虫害。虫害方面，常见的有菌蛆、菌螨和跳虫。菌蛆会蛀食子实体，菌螨会吃菌丝和菌盖，跳虫则会咬食子实体。防治方法包括清除衰老的菌丝体、利用杀虫灯诱杀成虫、喷洒高效低毒农药等。病害方面，常见的有杂菌污染（如木霉、绿霉等）、青霉病、软腐病、褐腐病、斑点病和黄斑病等，这些病害可能会导致平菇生长受阻或死亡。防治方法包括选用无霉变的材料进行栽培、严格消毒栽培场地、保持良好的通风条件、适时采收等。
生理性病害如小菇部分死亡、大脚菇和幼菇枯萎等，主要是由于营养不足、通气不良或湿度过高引起。小菇部分死亡可能是营养不足或湿度过高导致；大脚菇常因通气不良、二氧化碳浓度过高造成；幼菇枯萎则主要由于培养料过干或空气湿度偏低。
为害最严重的是杂菌污染，常见的杂菌有木霉、绿霉、黄霉、根霉等。防治方法主要有：选用无霉变的材料，培养料要进行堆制发酵并进行灭菌处理，栽培场地要严格消毒，发现有污染的要及时清理出去，适当通风防止温度过高、湿度过大。木霉又称绿霉，是危害平菇最严重的一种杂菌。菌种携带木霉或接种操作不规范时，菌包极易感染木霉，并迅速波及培养料，形成厚厚的一层霉层，菇体被感染后，停止生长，软化、渍水，进而布满木霉菌丝。
平菇栽培的主要虫害是菇蝇等，一般按防治杂菌的方法能较好地防治菇蝇等害虫。同时，在搬动过程中尽量防止塑料袋破损。
