萝卜黑心病初期不易发现，从萝卜心开始发黑，叶脉变黑呈网纹状，病菌沿叶脉和维管束向短缩茎和根部发展，最后使全株叶片枯死。叶片染病时，初始叶缘产生黄色斑，后变“V”字形向内发展，叶脉变黑呈网纹状，逐渐整叶变黄干枯。发病严重时，病菌沿叶脉和维管束向短缩茎和根部发展，最终导致全株叶片变黄枯死。幼苗期即可发病，子叶呈水浸状，根髓变黑腐烂。
根染病后，萝卜肉质根受侵染，透过日光可看出暗灰色病变，横切面可见维管束呈放射线状变黑褐色，并溢出菌脓。重病株可烂尽肉质根，只留下干缩的空洞根皮。发病叶片先出现黑褐色稍隆起的小圆斑，后扩大到直径3-6毫米，病斑边缘为苍白色，中间淡褐至灰褐色，湿度大时病斑上生有淡黑色霉状物。病部发脆易破碎，发病重时病斑汇合引起叶片局部枯死。采种株叶、茎和荚均可发病，茎及花梗上病斑多为黑褐色椭圆形。
萝卜肉质根黑心常有发生，影响商品品质，严重时失去食用价值。地里刚起出的萝卜和窑内贮藏的萝卜都可能出现肉质根发黑的现象。
