苦瓜枯萎病是一种真菌性病害，主要发生在主蔓茎节部，也可在地面根须部发生。病菌以菌丝体和厚恒胞子随病残体遗落在土中存活越冬，通过浇灌水、雨水、农家肥施用等方式传播，从根部伤口或根冠细胞侵入导致病发。轮作地、低湿地和施用未充分腐熟的土杂肥会加重病情。
枯萎病在整个生长期均能发生，以开花结瓜期发病最多。苗期发病时，茎基部变褐缢缩、萎蔫碎倒，严重时出土前即可造成腐烂或出苗不久子叶失水萎蔫下垂。成株发病初期，部分或一侧叶片中午萎蔫下垂，似缺水状，早晚恢复，数天后萎蔫枯死。主蔓茎基部纵裂，维管束变黄褐到黑褐色并向上延伸。潮湿时，茎基部半边茎皮纵裂，常有树脂状胶质溢出，上有粉红色霉状物，最后病部变成丝麻状。
苦瓜枯萎病的症状包括水烫症状、病部变褐腐烂收缩，以及地上部植株失水枯萎。如不及时防治，会造成严重减产。
