马铃薯黑痣病主要危害幼芽、茎基部及块茎。幼芽染病，有的出土前腐烂成芽腐，造成缺苗。出土后染病初，植株下部叶片发黄，茎基形成褐色凹陷斑，大小1-6cm。病斑上或茎基部常覆有灰色菌丝层，有时茎基部及块茎生出大小不等形状各异、块状或片状、散生或聚生的均和；轻者症状不明显，重者可形成立枯或顶部萎蔫，或叶片卷曲呈舟状，心叶节间较长，有紫红色色素出现。严重时，茎节腋芽产生紫红色或绿色气生块茎，或地下茎基部产生许多无经济价值的小马铃薯，表面散生许多黑褐色菌核。
在叶正面则显现黄绿色边缘不明晰的不规则斑，有时交链孢菌在其上腐生，致病斑转呈黑色。种株的花梗和花器受害，致畸形弯曲肥大，其肉质茎也出现乳白色疱状斑，成为本病重要特征。
刚种植的马铃薯，如果感染了黑痣病原菌，那么会影响发芽，使种薯抽出的新芽腐烂，严重的直接不出苗。茎基部染病，表现症状为下部叶片发黄萎蔫，且靠近土壤的茎杆出现一些褐色的长椭圆形病斑，病斑中部稍微凹陷，最大病斑可达6厘米长。在病斑上有时候可以看到许多灰色霉层，这些霉层为聚集在一起的菌核发病严重的植株，顶部会出现萎蔫情况，部分植株整株枯萎。发病植物叶片向上卷曲且有部分叶片变为紫红色。
后期随着病害的加重逐渐发展到地下果实，表现症状为部分地上茎杆发病严重植株果实个头小而多，且果实表面出现许多大小形状不规则的、坚硬的、壤颗粒状的黑褐色或暗褐色的菌核，不容易冲洗掉，而菌核下边的组织完好，也有的块茎因受侵染而造成破裂、锈斑和末端坏死等。病菌也会造成薯块龟裂、变绿、畸形。
黑痣病可危害马铃薯的幼芽、茎基部及块茎。芽块播种到田里出芽后，幼芽顶部出现褐色病斑，使生长点坏死，不再继续生长。因输导组织受阻，其叶片则逐渐枯黄卷曲，植株易倒死亡，此时常在土表部位再生气根，产出黄豆大的气生块茎。地下块茎发病多以芽眼为中心，生成褐色病斑，影响出苗率，造成苗不全、不齐、细弱等现象。
马铃薯黑痣病的发病症是块茎上以皮孔为中心，在表面形成土粒状黑色小菌核，菌核长1～5mm，散生或聚生；严重时形成褐色病斑，其后干腐或变成疮痂状龟裂。因受害部位不同而表现多样，主要表现在块茎上。当马铃薯幼芽被侵染后，在幼芽上会出现黑褐色病斑或斑纹，致使组织生长点坏死，阻滞了幼苗生长发育，有时也从基部节上再长出芽条，造成田间缺苗或出苗较晚，幼苗长势弱等。
