一、主要虫害防治。主要有蚊类、蝇类、螨类、蛞蝓、线虫、跳虫等。防止成虫入内，搞好环境卫生，消灭越冬虫源。蛞蝓可人工捕杀，也可用蜗牛净拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀。
二、主要病害的防治。木耳的主要病害包括各种霉菌和“流耳”。对于“流耳”，除搞好农药预防之外，可试用25单位/亳升浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾。绿霉病防止方法注意栽培场地和周边环境卫生，保持通风和排水方便。流耳防止方法注意通风和光照，及时采收。爬干虫防止方法及时清理肥料和污染袋，给地面撒石灰粉，消灭越冬虫源。
