胡萝卜病害主要有黑腐病、菌核病、软腐病、黑斑病、细菌性软腐病、病毒病、根腐病、霜霉病、褐斑病、白粉病、疫霉病、灰霉病、叶霉病、猝倒病、细菌性叶斑病、根结线虫病等。其中黑腐病主要为害肉质根，形成不规则形或圆形、稍凹陷的病斑，其上生黑色霉状物，后期肉质根变黑腐烂。菌核病主要为害肉质根，被害部分软化腐烂，表面生白色棉絮状菌丝体和黑色鼠粪状菌核。软腐病为害肉质根，被害部分软化腐烂，汁液外溢，有恶臭。黑斑病、褐斑病、细菌性叶斑病的发病症状很相似，国外学者也有将这一类叶部病害统称为叶斑病。
胡萝卜虫害主要有胡萝卜微管蚜、茴香凤蝶、蚜虫、地下害虫（蝼蛄、蛴螬、地老虎等）、根蛆、菜青虫、菜螟、赤条蝽、吊丝虫、金针虫、烟粉虱、甜菜夜蛾、斑潜蝇、红蜘蛛、蓟马、斜纹夜蛾等。其中胡萝卜微管蚜和茴香凤蝶是主要虫害。
防治胡萝卜病虫害可采取农业防治、生物防治和化学防治相结合的方法。农业防治包括增施有机肥、深翻土壤、改良土壤等；生物防治可设置黑光灯或频振杀虫灯诱杀害虫，设置橙黄板诱杀烟粉虱等；化学防治可使用50%杀螟硫磷乳油、2.5%敌杀死乳油、20%氰戊菊酯乳油、2.5%功夫乳油等药剂进行喷雾防治。在胡萝卜收获前30天用药防治最佳。
