由于芹菜根系浅,栽培密度大,在定植前整地时一定要施足底肥。每亩施入4000-5000公斤有机肥,30-35公斤过磷酸钙,25-20公斤硫酸钾,对于缺硼土壤每亩可施入1-2公斤硼砂。芹菜适宜多施氮肥,但不宜追施尿素。追肥要以碳酸氢铵为主,做到少量多次,一般需追肥2-3次。追施尿素后芹菜生长缓慢,纤维素增多,植株容易老化,品质降低,食用时带有苦味。追施有机肥可提高芹菜品质,使用沤制腐熟的鸡鸭等家禽有机肥,芹菜植株柔嫩粗壮,纤维减少,品质和产量大大提高。未腐熟的农家有机肥不可作追肥施用,以免引起烧蔸烂根。补施微肥可防芹菜生理病害,缺钙会引起芹菜“烧心”,缺硼则会引起芹菜空心、叶柄开裂等生理病害。叶面喷施0.5%氯化钙或硝酸钙水溶液可防止芹菜“烧心”。为防止芹菜空心、叶柄开裂,可每亩基施硼砂0.5-0.75公斤,或用0.3%-0.5%硼砂溶液叶面喷施。