防治苹果根癌病可改良土壤，选择弱酸性土壤育苗或采用技术措施，使苹果园土壤变为弱酸性；加强树体和根部保护，加强地下害虫防治，减少各种伤口。苹果根癌病是由癌肿野杆菌引起的、发生在苹果的一种病害。该病主要为害部位为根茎部，有时也发生在侧根上鞘。
对于重病果园进行3年以上轮作，如采用芽接法育苗，尽量避免采用劈接法，可减少发病。对果园增施有机肥，合秋施基肥，深翻改土，挖施肥沟施人绿肥、农家肥等，改善土壤理化险状，提高有机质含量，增强通透性，并根据苹果的需肥规律，进行适时适量追肥和叶面喷肥，并注意补充铁、锌等微量元素，注意氮肥不可过量，雨季及时排水，防止果园积水，保证根系正常发育。
加强果园的检查，如发现病株立即挖除烧毁，对可疑苗木要进行根部消毒，用1%硫酸铜液浸渍10分钟，或链霉素100~200毫克/升浸20~30分钟，也可用30%石灰乳浸泡1小时，用水冲净再定植。也可抹伤口预防。果树苗在栽植前用70％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、4—5波美度石硫合剂浸根5—10分钟，取出后晾干，再进行栽植，要把嫁接口露出地面。经常观察树体地上部生长情况，发现病株，扒开土壤，露出树根，用快刀切除病瘤，然后用80％乙蒜素乳油50倍液、50％福美双可湿胜粉剂100倍涂抹切口进行消毒，再外涂波尔多液进行保护。
选用无菌地育苗，苗木出圃时，要严格检查，发现病苗应立即淘汰。建立无病果园。苹果苗嫁接时，应尽可能采用芽接法，芽接法比劈接法嫁接的苗木发病少。砧木苗用抗根癌菌剂浸根后定植，可控制病菌侵染。刨除病根，在伤口外涂药保护。如发现大树有根病，应该刨走病根和病瘤，伤口处涂抗菌剂402、100倍福美胂液、波尔多液保护或晾根换土。
