食用菌生产过程中虫害主要有菇蚊、菇瘿、跳虫、螨类、线虫类等,病害主要有褐腐病、枯萎病、畸形菇病、猝倒病等。菇蚊菇蝇类在秋季栽培中,成虫近料产卵,但成虫及卵并不直接产生为害。这些害虫的成虫具有趋光性和趋味性,菇棚闭光处理时可降低发生概率和虫口密度。螨类虫源渠道多,主要咬食菌丝,虫口密度大时也能咬啮菇蕾及老熟子实体,主要品种有粉螨、蒲螨等。蘑菇菌丝培养过程中易出现的浸染性病害包括木霉、根霉、毛霉、曲霉、链孢霉、青霉、腐烂性细菌、酵母菌、白色石膏霉、褐色石膏霉、鬼伞、胡桃肉状菌、斑褶菌、枯萎病、褐腐病、软腐病、黄霉菌、鱼子菌、棉絮状杂菌、病毒病、橄榄绿霉菌、链格孢霉、黏菌等。非浸染性病害有菌丝徒长、不萌发、萎缩等现象。蘑菇出菇时期常见的病害有菇脚粗糙病、细菌性褐斑病、霜霉病、田野黄色单孢杆菌病、菌褶滴水病、干腐病、蘑菇星孢寄生菇病等。非侵染性病害包括死菇以及地雷菇等各种非正常菇。病斑型以褐斑病为主,子实体表面有白色毛状菌丝和褐色小斑点,蘑菇顶盖萎缩或干裂;锈斑病则表现为蘑菇柄、菇盖上出现铁锈色斑点,主要原因是棚内湿度过大、通风不良。出菇时期还可能发生跳虫、蜗牛、蛞蝓、蠼螋等虫害。