幼年鸡发生急性感染，出现死亡，但真正发生流行的较少。急性病鸡表现为纤维素性心包炎和肝脏肿大，而大多数自然感染的鸡症状不明显且为一过性。鸭衣原体病是一种严重的、消耗性并常致死的疾病，幼鸭表现为颤抖、共济失调、恶病质、食欲丧失及排出绿色水样肠内容物，眼及鼻孔周围有浆液性或脓性分泌物。随着病程发展，病鸭消瘦并死于痉挛，发病率为10%-80%，死亡率为0-30%，取决于感染时的年龄及是否并发沙门菌病。剖检病变包括胸肌萎缩、全身性浆膜炎、浆液性或浆液纤维素性心包炎、肝脏肿大、肝周炎和脾肿大，部分肝脏和脾脏有灰色或黄色坏死灶。鹅感染衣原体病时，临床症状和剖检变化与鸭相似。感染衣原体的火鸡表现为恶病质、厌食、体温升高，排出黄绿色胶冻状粪便，严重感染的母火鸡产蛋率迅速下降，死亡率为4%-30%。剖检病变为心脏肿大、心外膜增厚充血并覆盖纤维素性渗出物，肝脏肿大、颜色变淡且表面覆盖纤维素，气囊膜增厚，腹腔浆膜和肠系膜静脉充血并覆盖泡沫状白色纤维素性渗出物。