引起仔猪拉稀的原因可分为非病原性因素和病原性因素。非病原性因素包括营养和饲养环境的应激，如潮湿、温度变化、断奶应激、季节温差等。病原性因素包括病毒感染、细菌感染和寄生虫感染。
饲料方面，小猪消化系统发育不成熟，饲料中大豆球蛋白、胰蛋白酶、脲酶等含量偏高会导致仔猪拉稀，选择优质小猪料能避免这一现象。病毒感染如猪传染性胃肠炎、猪流行性腹泻、伪狂犬病毒、轮状病毒病等均会造成小猪拉稀。细菌感染如大肠杆菌、沙门氏菌、魏氏梭菌等病菌会引发仔猪黄痢、仔猪白痢、仔猪副伤寒、猪痢疾等。寄生虫感染如猪球虫、蛔虫、鞭虫、结肠小袋纤毛虫等均会造成小猪拉稀。
管理不当也是重要原因，如分娩舍温度低、阴暗潮湿，猪舍卫生不好，气候骤变，母猪的奶汁过稀或过浓，造成仔猪抵抗力降低时，就会致病。外部原因包括天气冷、环境潮湿、卫生不干净等。
内部因素方面，引种驯化不到位，后备母猪短时间内与本场内微生物菌群融合时间短，使出生仔猪免疫力低下引起腹泻。疫苗接种问题，如免疫抑制病的母猪对疫苗无反应，产后仔猪无抗体腹泻较多。仔猪出生3天没有及时补铁补硒以及口服抗球虫药也会导致腹泻。
