主要危害叶片，病初叶面产生淡绿色小点发展成淡黄色病斑，以后扩大成不规则病斑，叶背病斑着生白色霉层。病斑从植株下部向上扩展。干旱时病叶枯黄，多湿时病叶腐烂，严重时叶片全部变黄枯死。菠菜霜霉病是由一种卵菌引起的真菌病害。病菌以菌丝在病叶和种子上或以卵孢子在病残叶内越冬。病斑背面的霉层是病菌的孢囊梗和孢子囊，孢子囊借气流传播和产生新的病斑。结露和高湿度是病菌侵染的重要条件。该病在种植密度大、田间通风不良、低洼积水、低温高湿条件下发病重。
菠菜白斑病是一种真菌性病害，病菌以菌丝体随病残体在土壤中越冬，翌春病菌借风、雨传播蔓延。生长势弱、温暖潮湿条件下易发病。
菠菜灰霉病主要为害叶片。初生浅褐色不规则形斑点，后扩展成淡褐色润湿性大斑，并在叶背病斑上产生灰色霉层，即病菌分生孢子梗和分生孢子。发病严重的病叶变黑褐色腐烂，干燥条件下失水发黑，可见很多灰色霉状物。
菠菜主要有菠菜猝倒病、菠菜心腐病、菠菜霜霉病和菠菜病毒病这4种病害。以菠菜猝倒病为例，发病后菠菜幼苗茎基部呈浅褐色水渍状，然后会发生基腐，一般可用72.2%普力克水剂400倍液。
菠菜虫害主要有蚜虫、潜叶蝇、菜青虫、小菜蛾、夜蛾类害虫。菠菜生长过程中会遭病害，常见病害有白斑病、矮花叶病、枯萎病、叶斑病、霜霉病、病毒病等。
霜霉病发生时，叶背面会出现淡黄色病斑，湿度大时会出现白色霉层，可用百菌清进行防治。炭疽病发生时，叶片上发生淡黄色小斑，后扩大形成灰褐色病斑，病斑中有同心轮纹，可用多菌灵进行防治。病毒病发生时，心叶萎缩花叶、老叶提早脱落、植株畸形、黄化。病毒病是由蚜虫传染的，因此病毒病的防治，主要是防蚜虫。
菠菜菜螟是菠菜的重要害虫，其又叫菜心虫、钻心虫。菠菜菜螟的幼虫会钻入菠菜心，取食心叶。可以用含有阿维菌素的杀虫剂进行防治。
