主要危害幼苗,成株期也能发病。发病初期,仅仅是个别支根和须根感病,并逐渐向主根扩展,主根感病后,早期植株不表现症状,后随着根部腐烂程度的加剧,吸收水分和养分的功能逐渐减弱,地上部分因养分供不应求,新叶首先发黄,在中午前后光照强、蒸发量大时,植株上部叶片才出现萎蔫,但夜间又能恢复。病情严重时,萎蔫状况夜间也不能再恢复,整株叶片发黄、枯萎。此时,根皮变褐,并与髓部分离,全株死亡。芹菜根腐病主要危害根部和茎基部。被侵害部位开始产生水浸状红褐色斑,几天后变为暗褐色或黑褐色,稍凹陷,叶片变黄,由下往上发展,但叶片不脱落。主根被害腐烂或坏死,侧根少。该病常与沤根症状相似,属真菌病害。