如果植物本身有病菌、虫害，那么秸秆还田会将病菌埋伏地下，容易诱发下茬庄稼再生病害。秸秆如果太多，直接还田腐熟速度慢，会影响下茬庄稼发芽、生根等。秸秆会对下田劳作人员的安全造成威胁，刺伤刺破脚等风险加大。秸秆直接还田首先带着病虫害潜伏土壤中为害下茬，其次土壤水分少、温度低，腐熟不了，造成土壤层空虚，直接影响播种质量，导致发芽与扎根难，直至缺苗断垄。秸秆还田量过大或不均匀，易发生土壤微生物与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，使土壤与种子接触不紧密，不能正常发芽。秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。秸秆还田机功率小的农机手偷工减料等因素造成秸秆还田细度不够，秸秆中留存有多种病原菌和害虫的卵、幼虫、蛹等。