当归根腐病一般在5月初开始发病，6月危害严重，7~8月达到发病高峰，9月因气温下降，病势逐渐减轻。病菌在土中的分布多集中在耕作层，高温高湿有利于病害的发生。地下害虫活动频繁，根部伤口多，利于发病。连作会加重病害发生。病原菌以菌丝和分生孢子在病田土壤内或当归种苗上越冬，成为翌年的初次侵染源。
灌水过量和雨后田间积水，根系发育不良等因素均加重危害。大湿有利于病菌孢子的大量萌发和菌丝的迅速生长，增强致病力。大的土壤湿度会引起根部迅速吸水而涨裂，造成病菌入侵的途径。由于根部积水，形成缺氧环境，使根系的正常呼吸作用受到抑制，不利根系的生长发育，从而降低根部的抗病力，有利于病菌的入侵因素，共同作用下，发病率便大大增高。
病原菌入侵后，迅速增殖，产生大量的分生孢子和菌丝，分解吸收机体，并分泌毒汁，最后导致寄主根部腐烂，植株枯死。在中温和微酸性的土壤中，发病率随着土壤含水量的增加而迅速增高，这一结果和广大药农认为在低湿积水地段当归根腐病严重的说法相一致。这说明较大的土壤湿度是发病的主要因素。