平菇栽培过程中，杂菌和害虫常侵害菌丝体和子实体，影响质量和产量，严重时甚至导致栽培失败。因此，必须贯彻“预防为主，防重于治，综合防治”的方针，以确保平菇的正常生长发育。危害平菇的杂菌主要有青霉、木霉、毛霉等。
感染杂菌或病毒后，平菇子实体常表现为多种畸形：菌柄肿胀呈球形或烧瓶形，不形成菌盖或只形成很小的菌盖，或仅在子实体顶端保留菌盖的痕迹，后期产生裂缝，露出白色菌肉；菌柄变扁弯曲，表面凹凸不平或有瘤状突起，菌盖变小畸形，边缘呈波浪形或具深缺刻；菌盖、菌柄表面有明显的水渍状条纹或斑纹。感病严重的子实体，担孢子不能正常形成，甚至因发育受阻，菇型矮化，盖厚、柄短或盖小。
在菌丝体生长阶段，感染病毒后无明显症状，仅表现为菌丝生长速度变缓，菌落边缘不整齐。出菇期感染病毒后，子实体畸形症状更加明显，菌柄肿胀呈近球形或烧瓶形，无菌盖或菌盖极小，或仅在近球形的子实体顶端保留菌盖痕迹，后期裂缝露出白色菌肉；菌柄扁平弯曲，表面凹凸不平或有瘤状突起，菌盖有深缺刻并呈波浪形；菌盖及菌柄上出现明显的水渍状条纹或条斑。
