枝干发病时，起初以皮孔为中心形成暗褐色水渍状斑，逐渐扩大，呈圆形或扁圆形，直径0.3至2—3厘米，大多1厘米左右，中心隆起，呈疣状，质地坚硬。随后，病斑凹陷，颜色变深，呈青灰至黑褐色，翌年产生分生孢子器，出现黑色点粒。随着树皮愈伤组织的形成，病斑四周隆起，病健交界处发生裂缝，病斑边缘翘起如马鞍状，至发病后第四、五年，病部渐剥离脱落。枝干染病严重时，病斑密集，相互融合，致枝干表面极为粗糙。病变多局限于树皮表层，但有的深达木质部。病重树长势衰弱，枝条枯死。
苹果黑点病发病初期，围绕皮孔、果面萼洼部位变为褐色，出现针尖大小黑点，随病情发展黑点逐渐扩大，有芝麻或绿豆大小，病斑直径一般在1～3mm，口尝无苦味。该病斑一般仅局限于表皮，并不会深及果肉，也不会引起溃烂，在后期和贮存期也不会扩大蔓延。
