化学防治是将杀线虫剂施入土中，使药剂挥发，达到熏蒸土壤、杀死线虫的目的。在山药下种前，将药剂均匀地施在30厘米深的土层内，注意种薯附近的药剂浓度不宜过大，可选用5%克线磷颗粒剂每公顷150公斤或5%灭克磷颗粒剂每公顷90公斤；也可用3%米乐尔颗粒剂每公顷45至75公斤，撒施于山药沟内的表土上，用抓钩搂十几厘米深，与土壤掺合均匀，然后再进行整地下种。对生长期发病的植株，可用1.8%阿维菌素乳油4000至6000倍液根部穴浇，每株100至200毫升。
生物防治是控制山药根结线虫病的一个重要措施，亩用100亿活孢子/克的丰农牌线虫毕克200克拌种或撒施；或每克含2.5亿个孢子的厚孢轮枝菌粉粒剂每公顷22.5至30公斤，与播种前均匀的施于30厘米深的山药沟内。山药根结线虫病的防治一是合理轮作，二是合理施肥以底肥为主，三是利用冬季气温降低，四是清洁田园，消毒架材，减少病原线虫传播和积累。
