桔子树的修剪应按照生长生育期的不同要求进行。在营养生长期，应主要在苗木定干整形的基础上培养树冠。进入生长结果期后，继续培养树冠并适量结果，每年促发2-3次新梢，进行摸芽控梢。到了盛果期，树高应控制在250cm以下，树冠开张，枝梢生长健壮，绿叶层厚度100cm左右，保证透光通风。衰老期则采用回缩修剪法，更新或去除老结果枝群，促使新结果枝的生长，进行适度疏删。
对于幼树，修剪应以轻剪为主。选定中央的延长枝及各主枝、副主枝的延长枝后，对其进行中度或重度短截，通过短截程度和剪口芽的方向调节各主枝间的生长平衡。同时，除了适当疏删过密枝群外，应保留内膛枝和树冠中下部的较弱枝梢。