此病在各生育期都发生。幼苗染病,叶片皱缩,生长点畸形,发育速度缓慢,重病苗不到移栽期就逐渐坏死萎蔫。大苗染病,地上部幼嫩部位症状明显。苗期田间幼苗黑脚病发生适温19℃,土壤干燥易发病,此外施肥不当,生长衰弱,土壤偏碱等发病重;成株期湿度大易发生蛇眼病;贮藏期窖温高于4℃发病重。苗期(种子发芽出土到2~3对真叶期发病,一般1~2对真叶时发病重,4对真叶时基本停止)田间幼苗菠菜茎枯病发生适温19℃,土壤干燥易发病。此外,施肥不当,生长衰弱,土壤偏碱等发病重。防治方法选用无病种子。必要时进行种子消毒用52℃温水浸种60分钟,适当增加播种量。加强栽培管理。有条件的每667平方米施硼砂0.1~0.6千克,可提高抗病性。发病初期选喷代森锰锌、百菌清、碱式硫酸铜、敌菌灵、甲基硫菌灵、异菌脲(扑海因)、噻菌灵(特克多)、丙森锌(安泰生)或氟硅唑(福星)等杀菌剂。