向日葵叶枯病和黄萎病是影响向日葵健康的两大病害。叶枯病主要侵害叶片，也可影响叶柄、茎杆和花器。苗期时，子叶会出现黄色圆形凹陷的病斑，逐渐变黑枯死；幼茎受侵染会导致幼苗枯萎。叶部病害从下部叶片开始，开花前病斑仅见于老叶，开花及子实形成期病斑迅速增加，并向上部叶片扩展，同时侵染叶柄、茎部和花部。
向日葵黄萎病，又称半边疯、黑心病，是向日葵的重要病害。该病通常在开花结果后发病，先是从下而上或一侧叶片开始，随后向全株发展。初期叶缘及叶脉间出现褪绿黄斑，随着黄斑扩大，颜色由黄色变为褐色。病株在晴天中午萎蔫，早晚恢复，最终不再恢复，叶缘上卷，叶片变褐，并不断由植株下部向上方发展，严重时病叶脱落、落花、落果或病株枯死。纵切根茎部，可见维管束变为黄褐色或棕褐色。黄萎病的症状有3种类型：枯死型、黄斑型和黄色斑驳型。枯死型植株矮化严重，叶片皱缩、凋萎、枯死脱落；黄斑型植株稍矮化，叶片由下而上形成掌状黄斑，仅下部叶片枯死；黄色斑驳型植株矮化不明显，仅少数叶片有黄色斑驳或叶尖、叶缘有枯斑，叶片不枯死。病情自下向上发展。