玉米丝黑穗病主要侵害玉米雌穗和雄穗。一般在出穗后显症，但有些自交系在苗期显症，在4～5叶上生1～4条黄白条纹；另一种植株茎秆下粗上细，叶色暗绿，叶片变硬、上挺如笋状；还有一些二者兼有或6～7片叶显症。雄穗染病有的整个花序被破坏变黑；有的花器变形增生，颖片增多、延长；有的部分花序被害，雄花变成黑粉。雌穗染病较健穗短，下部膨大顶部较尖，整个果穗变成一团黑褐色末和很多散乱的黑色丝状物；有的增生，变成绿色枝状物；有的苞叶变狭小，簇生畸形，黑粉极少。偶而侵染叶片，形成长梭状斑，裂开散出黑并有杂乱的黑色丝状物。
发病较为普遍的玉米丝黑穗病为真菌系统性病害，其病原菌为孢堆黑粉，属担子菌亚门孢堆黑粉属，病组织中散出的黑粉为冬孢子，冬孢子黄褐色至暗紫色，球形或近球形，直径9～14μm，表面有细刺。冬孢子在成熟前常集合成孢子球并由菌丝组成的薄膜所包围，成熟后分散，在玉米苗期侵入植株，一般到穗期才表现典型症状。在玉米的生长后期，穗子上长黑瘤子、黑包，一般是由玉米黑粉病或玉米丝黑穗病引起的，统称玉米丝黑穗病。
