首先可以采取生物防治方法，维持生态平衡，充分利用蚜虫的天敌进行生物防治，蚜虫的天敌有七星瓢星、异色瓢虫、食蚜蝇等。再进行物理防治，蚜虫对于黄色较敏感，在种植时可以充分利用这一点，用黄色的纸板涂抹药剂挂在蔬菜行间，纸板要定时更换，这样可以减少药剂的使用，降低药物残留，提高品质，实现绿色无公害食品。最后可以采取药物防治，可用抗蚜威、乐果、杀灭菊酯等药剂防治，但是要注意浓度，同时药剂要交替使用，以免产生抗药性。
秋菠菜幼苗生长时期温度和低温都较高，所以要勤浇水保持土壤湿润，并起到降低地温的作用，为幼苗提供一个适宜生长的环境。秋菠菜在生长前期正处于气候干燥的时期，所以在这时要加强肥水管理，在长出真叶时，可浇一次稀薄的粪水，之后随着气温降低，慢慢的加大肥力的浓度。
