玉米瘤黑粉病在整个生育期均会发病，会导致果穗没有籽粒，引起减产。建议选用抗病品种，使用药剂拌种后适期播种。在玉米出苗后和拔节期使用苯醚甲环唑悬浮剂等药剂进行防治。
1、轮作倒茬。玉米瘤黑粉病病菌主要在土壤中越冬，进行大面积轮作倒茬是防治该病的首要措施，尤其是重病区至少要实行3～4年的轮作倒茬。
2、选用抗病品种。品种抗病性有差异，自交系间抗病性差异特别明显。一般杂交种比其亲本自交系或一般品种较抗病；硬粒型玉米较抗病，马齿型次之，甜玉米较感病。雌穗的苞叶厚、长、紧密的较抗病；反之包不紧的较易感病。
3、消灭病菌来源。玉米收获后应彻底清除田间植株病残体，进行深秋翻，可减少初次侵染来源。苗期结合田间管理拔除病株，拔节至成熟期发现病瘤早期割除，并将割下的病瘤集中销毁或深埋，否则病瘤中的黑粉会随风雨传播进行再侵染。另外，秸秆用作肥料时要充分腐熟。
4、加强田间管理。适时播种，合理灌溉保墒，以促进玉米早出苗、出壮苗，减轻病害发生。同时，合理追肥，合理密植，增加光照，增强玉米抗逆性。增施磷钾肥，适施锌、硼两种微肥，避免偏施氮肥，适时灌溉，及时防治玉米螟等害虫，尽量减少机械损伤，均能有效降低玉米瘤黑粉病的发生。
5、种子处理。可用2%戊唑醇湿拌种剂40～60克或12.5%烯唑醇可湿性粉剂30-40克，加水500毫升，拌种10千克。
6、化学防治。上年发病较重的田块在玉米出苗后和拔节期各喷药预防。药剂可用40%苯醚甲环唑悬浮剂3000-4000倍液，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1000-1500倍液，或用50%克菌丹可湿性粉剂200倍液。也可在玉米大喇叭口期或发生初期，用10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000倍液防治。
