病毒病是辣椒常见的病害之一，分为花叶型、条斑型、叶片畸形和丛枝型三种，严重危害植株的产量和品质。需要在栽种前对种子进行消毒处理，并定期中耕除草，提高土壤透气性。
在辣椒育苗前，可用30%噻虫嗪种子处理悬浮剂按照药种比933～1167毫升/100千克种子比例进行拌种，或用60%吡虫啉悬浮种衣剂按照药种比200～300毫升/100千克种子进行拌种，可有效预防苗期蚜虫、蓟马、粉虱等害虫对幼苗的危害，持效期可达50天左右。
在辣椒定植时，可选用2%吡虫啉颗粒剂1250克～1500克/亩，或用2%噻虫嗪颗粒剂1000克/亩，加30～50公斤充分腐熟的有机肥进行穴施，可有效预防辣椒结果前蚜虫、白粉虱、蓟马等刺吸式害虫的危害，持效期可达80天左右。
在辣椒开花结果盛期，可结合追肥浇水，每亩可用20%呋虫胺可溶粒剂2000倍液，随滴灌液冲施，也可用3%呋虫胺颗粒剂1000～1500克/亩加复合肥20～30公斤，拌均匀后进行追肥，可有效预防白粉虱、烟粉虱、蓟马等刺吸式害虫的危害，避免害虫传毒，持效期可达60天左右。
高温干旱容易诱发病毒病，当遭遇高温时，要定期浇水，防止田间长时间干旱，降低田间温度，可有效预防病毒病的发生机率。目前防治病毒病没有“特效药”，针对病毒病的传播途径、发生规律，采用抗病品种为基础，农业防治为主，化学防治为辅，预防为主、综合防治的措施。
