生物类型不同，细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物，真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物，真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物，也包括多细胞型生物。细胞结构不同，细菌没有成型的细胞核，只有拟核，真菌具有成形的细胞核。细菌没有染色体，真菌有。细菌通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式二分裂。细菌是单细胞原核生物，没有成形的细胞核，真菌是单细胞或多细胞真核生物，有成形的细胞核。细菌和真菌的细胞壁成分不同，细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，真菌细胞壁的主要成分是几丁质。