大蒜素对肠胃有一定的刺激作用，生吃过多大蒜易引起急性胃炎，长期过量食用还容易造成眼部不适。所以，对于肠胃功能不好的人来说，每天最好别超过1瓣；肠胃好的人，每天也不要超过2~3瓣。忌空腹食蒜，以防引起急性胃炎；同时不要长期食用大蒜。
肝病、非细菌性腹泻、眼疾、胃病、十二指肠、脑溢血患者最好不要吃大蒜。大蒜辛温，辛能耗散气血，故气血亏虚者少用。温能助火，故肺胃有火，五心烦热者不可多用。进食大补热药时最好不与大蒜同用，以防生热助火，热上加热。
平素有口臭、狐臭、青春痘较重者应少用大蒜。蒜、葱等辛温之物也不宜与蜂蜜同食，以免引起腹部不适或腹泻。
