生物有机肥是一种兼具微生物肥料和有机肥效应的新型肥料，由特定功能微生物与动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）经无害化处理、腐熟后复合而成。它能够降低化肥用量、改良土壤结构、消除土壤板结、改善作物品质、提高商品率，最终显著提高经济效益，是绿色食品理想的生产资料。
相较于动物源的有机肥和生物有机肥，植物源来源更安全，不用担心盐分及重金属的危害。同时，秸秆类有机物料发酵后形成的木质素等物质对于土壤的活化和改良效果更好。与化肥相比，植物生物有机肥的营养元素更为齐全，长期使用可有效改良土壤，调控土壤及根际微生态平衡，提高作物抗病虫能力，提高产品质量。与农家肥、有机肥相比，植物生物有机肥的根本优势在于添加的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效。与微生物菌剂相比，植物生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生长繁衍的粮食，施入土壤后功能菌能快速生长并形成种群优势并发挥作用，而生物菌肥只含有功能菌，且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用；另一方面，植物生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
生物有机肥的作用包括：改善土壤结构，增加土壤养分，提高土壤中养分的转化，提高作物产量并提高品质，增加作物抗旱抗寒抗病能力。生物有机肥兼具微生物肥料和有机肥料优点，其含有的微生物对重金属具有很强的亲和性，可与重金属形成不溶性金属—有机复合物，增加土壤的阳离子交换量，降低土壤中水溶性重金属和可交换态重金属的含量，从而降低其生物有效性，在提高农田生产力和修复重金属方面表现出非常优越的性质。
生物有机肥可以增加土壤有机质、养分含量，提高土壤肥力，同时还可以改善土壤微生物种群结构、增加微生物数量、提高土壤生物活力，进一步提高土壤质量。生物有机肥可促进农作物中硝酸盐的转化，减少农产品硝酸盐的积累。与施用化学肥料相比，平均可降低硝酸盐含量15%，同时延长作物保鲜、储存时间。生物有机肥可以增加微生物的增殖，改善作物根际微环境，调节土壤生物结构和数量，降低土传病害的侵害，可缓解土壤连作障碍。
生物有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板结。改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。生物有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群。同时，在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。减少环境污染，对人、畜、环境安全、无毒，是一种环保型肥料。