实行轮作:轻病田间隔2-3年,重病田间隔4-5年与非茄科蔬菜轮作,最好与瓜类或禾本科作物轮作,能与水稻轮作最好。选种抗病品种:如早杂2号和通椒1号等较为抗病。调整土壤酸碱度:微碱性土壤可抑制青枯菌的生长。培育无病苗:病区苗床不能连用,选没育过茄科蔬菜等的苗床育苗,或更换苗床土,如河泥、稻田土等。拔除零星发病的病株:轻病田当年发病随时拔除病株,并向病穴里灌20%福尔马林液,或灌20%石灰水进行消毒。辣椒青枯病多发于连作田和地下水位高、湿度大的冲积土田。应及时消毒和更换床土,并且有计划地进行轮作。同时,采用嫁接栽培方式加以防范,一旦发现病株,应立即剔除并烧毁。因地制宜选用抗病良种。结合整地,撒施适量石灰,一般亩施石灰50~100公斤,使土壤PH值呈微碱性,抑制病菌生长。增施磷钾肥,喷施100毫克/公斤的硼酸液,促进维管束生长,增强抗病能力。