病菌喜低温、高湿环境，发病最适宜气候条件为温度15～20℃，相对湿度85%以上。浙江及长江中下游地区露地栽培韭菜菌核病的主要发病盛期在3～4月。韭菜菌核病的感病生育期为成株期至采收期。地势低洼、土壤粘重、积水严重、雨后受涝、偏施氮肥、过度密植的田块发病重。年度间雨水频繁的年份或季节易发病重。
在寒冷地区，病菌主要以菌丝体和菌核随病残体遗落在土中越冬。翌年条件适宜时，菌核萌发产生子囊盘，子囊放射出子囊孢子进行初侵染，借气流传播蔓延或病部菌丝与健株接触后侵染发病。潮湿时枯叶表面密生灰色至灰褐色霉状物。病菌主要以菌核在土壤中病残体上越冬，借气流传播。韭菜灰霉病全年危害。韭菜菌核病主要危害叶片、叶鞘和“假茎”。病菌借助灌溉水和雨水溅射传播，菌核萌发菌丝进行初侵染，田间病害蔓延主要通过菌丝的攀援和接触传染；发病初期患病部变褐、湿腐状，终致植株枯死。
在南方温暖地区，病菌有性阶段不产生或少见，主要以菌丝体和小菌核越冬。
