大葱锈病的病菌孢子一般寄生在田间作物（如葱、蒜、韭菜、豆类等）的病株残体上和表土下的土壤中越冬，到第二年春季气温回升、雨水增多后开始大量繁殖，并借助风雨、浇水、农事劳动及农业生产工具等进行传播。锈病的病菌孢子主要是通过大葱植株上的伤口、气孔等侵染发病。随着病害进展，与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂，散出紫褐色粉末（冬孢子）。重症植株的叶片和花梗，呈麦秆色干枯。
大葱锈病的传播途径主要是气流传播。该病菌以冬孢子和夏孢子形态附在病株上越冬，形成初侵染源。1、大葱锈病以病原以冬孢子在病残体上越冬。病原随气流传播，从寄主表皮或气孔侵入，进行初侵染和再侵染。2、大葱锈病的萌发适温9～18℃，高于24℃萌发率明显下降，潜育期10天左右。孢子借助气流传播，侵入大葱发病，形成夏孢子。夏孢子形成再侵染源，向周围植株蔓延。
