对水稻粒黑粉病发生影响最大的是母本抽穗扬花期的气候条件。阴雨天、湿度大、光照不足时，可增加病菌孢子萌发的概率；少雨时、湿度低、空气中的担孢子少，可降低其发病率。病菌以厚垣孢子在种子内和土壤中越冬，种子带菌随播种进入稻田和土壤带菌是主要菌源。该菌厚垣孢子抗逆力强，在自然条件下能存活1年，在贮存的种子上能存活3年，在55℃恒温水中浸10分钟仍能存活，通过家禽、畜等消化道病菌仍可萌发。该菌需经过5个月以上休眠，气温高于20℃，湿度大，通风透光，厚垣孢子即萌发，产生担孢子及次生小孢子，借气流传播到抽穗扬花的稻穗，侵入花器或幼嫩的种子，在谷粒内繁殖产生厚垣孢子。
水稻孕穗至抽穗开花期及杂交稻制种田父母本花期相遇差的，发病相率高，发病重。此外雨水多或湿度大，施用氮肥过多也会加重该病发生。在杂交制种不同组合中，存在着母本内外颖最终不能闭合的现象，称作开颖。开颖率高的组合，如献优63，开颖率高达30%-40%，则发病率高。品种间发病率高低差异较大，汕优63第一年制种田，病穗率高达92%，病粒率25.19%。