接种后的生料段木称为菌棒。接种后菌棒堆置避光处，控制适宜的温湿度，使其迅速发菌。气温低可用薄膜覆盖，中午气温高时掀开，避免阳光直射，避免树皮脱落。10~15天后，菌种已经从接种穴处向四周生长，此时应将段木散开堆放，成排横放，上面覆盖沙土，视沙土表面干湿情况，及时喷水保湿，沙土湿度的保持以菌棒表皮略为湿润为宜。再经过1个月后，抽取段木劈开查看菌丝生长情况，当接种穴菌落直径有7~8厘米时，则将菌棒锯成每段15厘米左右，接下去的覆土栽培方法及管理同熟料段木栽培。整个从接种到采收约经历4个月。生段木栽培的灵芝一般可长2~3年，其中第二年产量最高。从开始产芝到结束，每百千克段木可产干灵芝20千克左右。