浸染性病害包括木霉、根霉、毛霉、曲霉、链孢霉、青霉、腐烂性细菌、酵母菌、白色石膏霉、褐色石膏霉、鬼伞、胡桃肉状菌、斑褶菌、枯萎病、褐腐病、软腐病、黄霉菌、鱼子菌、棉絮状杂菌、病毒病、橄榄绿霉菌、链格孢霉、黏菌等。非浸染性病害常见的有菌丝徒长、不萌发、萎缩等现象。防治方法如下：
1.及时清除病菇。发现病菇时，应立即将病菇连同菌丝体以及10厘米深处的培养料一起挖出烧毁或深埋，病穴用消毒土填平。同时用4%福尔马林消毒工具，预防病菌传染。
2.降低温度、湿度。在不使菇房冷却的条件下，开窗通风，降低温、湿度。控制空气相对湿度在95%以下，温度降至17℃以下。
3.药剂防治。在菇长出之前，用1∶2∶225的波尔多液喷洒覆盖土的表面，可大大降低感染率，起到预防作用。也可每10平方米菇床用10克多菌灵加水75公斤喷洒菇床表面。
4.如上述措施无效，可把覆盖土全部拿掉，换用无菌土壤，重新覆盖。