菠菜株腐病又称立枯病，主要危害菠菜的茎基部，叶、茎和根均可受害。种子带菌的菠菜发芽后染病，出土后幼苗茎基变褐、缢缩、引致猝倒或腐烂，造成缺苗。防治方法包括：
1.种子消毒：播种前用52℃温水浸种30分钟，或用种子重量0.3%的50%可湿性粉剂扑海因拌种。
2.农业防治：选择排灌方便的壤土种植，施用充分腐熟的有机肥。适时浇水、施肥，及时拔除初期病苗；防止大水漫灌，控制病虫害发生。
3.物理防治：保护地挂银灰膜条，可起到避蚜作用。
4.综合防治：选择通风良好，远离萝卜、黄瓜的地块种植菠菜；适时播种，避免早播；遇到早春和秋旱应多浇水，可减轻发病；施足有机肥，增施磷、钾肥，提高抗病力。
5.清洁田园：在冬前和早春应将田间地边及垄沟的杂草清除干净，并彻底清除病株，带出田外深埋或烧毁。
6.及时用药剂防治蚜虫：发病前或发病初期可喷20%病毒A可湿性粉剂500倍液，或5%菌毒清水剂300倍液、抗毒剂1号300倍液，增强免疫力。
7.发病初期喷施药剂：可用96%“天达恶霉灵”粉剂3000倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液、75%百菌清可湿性粉剂1000倍液、25%嘧菌脂悬浮剂2000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑可分散粒剂2000倍液等，连续防治2-3次，采收前7天停止用药。
