农家肥发酵时间长，养分损失多，可能腐熟不彻底，施肥量大时会出现烧根烧苗的情况；微生物含量少，肥效慢。有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，不会出现烧根灼苗的情况；含有大量的有益微生物，肥效比较快。两者可以混用。