辣椒病毒病常见的有两大类型：一为斑驳花叶型，植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑，以致整株死亡。二为叶片畸形和丛枝形，叶片畸形丛生，叶脉褪绿，出现斑驳，花叶，叶片增厚，变窄呈线状，茎节间缩短，有时枝条丛生，后期植株矮化，果实上呈现深绿和浅绿相间的花斑，有疣状突起，病果畸形，易脱落。
辣椒软腐病发生时果实病斑初期呈水渍状，后腐烂脱落，有臭味，腐烂后的果实只剩下一层皮，经日晒变白，此病多发于高温多雨季节。防治方法包括避免连作，特别是茄科作物，以及使用50PPM农用链霉素或新植霉素全株喷施及灌根。
