未经腐熟的粪肥中含有大量大肠杆菌、真菌、寄生虫、虫卵和线虫等，直接施用会导致病菌虫害传播，使作物抗逆性差、易发病，同时污染环境，危害人体健康。未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，引发植物病虫害。许多菜农发现，施用鲜粪越多，种蝇和地下害虫越多，地下害虫咬伤蔬菜根部，导致地上部营养不良。
未腐熟粪肥，特别是禽粪，含盐分较重，易使土壤盐化，升高土壤盐浓度，严重时会导致种子不发芽、烧苗、烧根，并产生有害气体，毒害植物。禽畜粪便中含有较多病菌、虫卵和杂草种子，不经高温发酵，容易对植物造成不良影响，并引发病虫害。部分粪肥因来源问题，可能微量元素含量超标，甚至含有重金属和抗生素，毒害植物，影响农产品安全。此外，粪肥杂质较多，纯度偏差大，含量不稳定，单一施用无法保证养分含量及效果。