根部染病，初呈淡褐色湿腐状斑块，后逐渐变为黑褐色，导致根及跟颈部韧皮部腐烂，木质部变淡褐色，引起整株萎焉死亡，可称为“根腐型”。茎和枝染病，病斑初为水浸状，环茎枝表皮扩展，后导致茎枝“黑杆”，病部以上枝叶迅速凋萎。叶片染病，出现污褐色边缘不明显的病斑，病叶很快湿腐脱落。果实染病，特别是菜椒，多始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，病果迅速变褐软腐，湿度大时病果表面长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果，残留在枝上。
辣椒疫病是由疫霉菌引起的一种真菌病害。病菌在病残体上或土壤中越冬，可存活很长时间。病菌主要由雨水、灌溉水、气流传播。病菌在8°C〜38°C条件下均可以生长发育，在25°C〜30°C条件下、空气相对湿度85%以上时最适宜发病。病菌生育温度范围为10－37℃，最适宜温度为20－30℃。空气相对湿度达90%以上时发病迅速；重茬、低洼地、排水不良，氮肥使用偏多、密度过大、植株衰弱均有利于该病的发生和蔓延。一般雨季，或大雨后天气突然转晴，气温急剧上升，病害易流行。
种植辣椒需要防治疫病，应进行轮作，并做好土壤消毒，合理使用植株生长剂，提高抗病力。在发病后采用乙磷铝锰锌或瑞毒霉、乙磷铝、百菌清、甲霜灵锰锌等药剂进行喷施，并注意交替用药，加强药效。
