韭蛆主要危害根茎，可采用菊马乳油或辛硫磷乳油进行喷施防治。防治方法包括使用吡虫啉、噻虫嗪、辛硫磷、苦参碱、阿维菌素等药剂进行灌根，或利用杀虫灯、糖醋液诱杀成虫，以及通过冬灌或春灌减少幼虫数量。
韭菜灰霉病主要危害叶片，可采用噻菌灵烟剂或灭霉灵粉尘剂进行烟熏防治。登记用于防治的药剂有15％腐霉利，也可选用吡唑醚菌酯+甲硫·异菌脲或嘧霉胺乙霉威进行防治，注意轮换用药。大棚种植时，需提高温度、降低湿度以控制病害。
韭菜疫病暂时没有登记的药剂可用，可选用吡唑醚菌酯+烯酰吗啉在韭菜收割后喷雾防治，能有效防止下茬疫病的发生。
