芹菜常见的病虫害包括斑枯病、叶斑病、软腐病、菌核病、根结线虫病、病毒病等。主要害虫有斑潜蝇、蚜虫、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、粉虱等。芹菜病害主要有灰霉病、根腐病、黑腐病、病毒病、早疫病、菌核病等。虫害包括蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类、红蜘蛛、菜青虫、夜蛾类及地下害虫等。
芹菜斑枯病主要危害叶片，也可危害叶柄和茎。叶片初生淡褐色油浸状小斑，边缘明显，后扩大为圆形，边缘褐色，中央淡褐色到灰褐色，病斑上生许多小黑点，病斑外有黄色晕圈。低温高湿有利于病害发生和流行。
芹菜软腐病多发生在芹菜移栽缓苗期或缓苗后的生产初期。一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病。发病初，病斑淡褐色，水渍状，纺锤形或不规则形，稍凹陷，迅速扩展后内部组织呈黑褐色腐烂，有恶臭，最后残留表皮。
芹菜早疫病在苗期到成株期均可发生，主要危害叶片，叶柄和茎也可染病。染病初期产生黄绿色水渍状斑点，后发展为圆形、椭圆形、或不规则形灰褐色斑，稍凹陷。高温、高湿、多露发病重。
芹菜菌核病全生育期均可发病，危害芹菜茎和叶柄。从茎或叶柄基部开始出现褐色水渍状软腐，湿度大时病部生有棉絮状白色菌丝，病组织逐渐腐烂，无异味，后期形成黑色鼠粪状菌核。棚内低温、通风不良、湿度大、种植过密都易于发病。
芹菜心腐病(俗称烂心)主要危害芹菜心叶，病斑初为黄绿色水渍状小点，后扩展成近圆形或不规则形的大病斑，中心灰褐色，外缘有黄色晕圈；严重时病斑扩大成斑块，最后整片叶子枯死。茎或叶柄受害处有暗褐色水渍状凹陷病斑，易从病斑部折断，折断处有灰白色霉状物。
芹菜病毒病全株发病，病叶表现为黄、绿、白相间的斑纹，并出现黄色病斑或褐色枯死斑，全株黄化。严重时叶片卷曲，植株矮化，心叶节间缩短，叶片皱缩畸形，扭曲甚至枯死。
芹菜常见的虫害有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等。蚜虫主要危害芹菜叶片、叶柄、茎、花。为害时，先从芹菜心叶开始，最后到植株，吸食芹菜植物体内的汁液，使叶片卷缩、变黄，叶柄下垂，最后全株萎蔫枯黄。蚜虫又是多种病毒病的传播者，蚜虫数量越多，芹菜发生病毒病的概率就越大。
芹菜斑潜蝇主要危害芹菜叶片，幼虫在叶片内潜食叶肉，形成不规则的白色隧道，严重时叶片枯黄，影响光合作用，降低产量和品质。
芹菜甜菜夜蛾和斜纹夜蛾主要危害芹菜叶片，幼虫取食叶片，造成叶片缺刻或孔洞，严重时可将叶片吃光，仅剩叶脉。
芹菜蓟马主要危害芹菜叶片和嫩茎，成虫和若虫吸食汁液，导致叶片出现银白色斑点，严重时叶片卷曲、枯黄，影响植株生长。
芹菜粉虱主要危害芹菜叶片，成虫和若虫吸食汁液，导致叶片出现黄斑，严重时叶片枯黄，影响植株生长。
芹菜红蜘蛛主要危害芹菜叶片，成虫和若虫吸食汁液，导致叶片出现黄斑，严重时叶片枯黄，影响植株生长。
芹菜菜青虫主要危害芹菜叶片，幼虫取食叶片，造成叶片缺刻或孔洞，严重时可将叶片吃光，仅剩叶脉。
芹菜夜蛾类害虫主要危害芹菜叶片，幼虫取食叶片，造成叶片缺刻或孔洞，严重时可将叶片吃光，仅剩叶脉。
芹菜地下害虫包括蛴螬、蝼蛄、小地老虎等，主要危害芹菜根系，导致植株生长不良，严重时植株死亡。
芹菜根结线虫病主要危害芹菜根系，导致根系形成瘤状物，影响水分和养分的吸收，导致植株生长不良，严重时植株死亡。
芹菜缺钙心腐病主要危害芹菜心叶，导致心叶腐烂，严重时植株死亡。
芹菜空心症主要危害芹菜茎部，导致茎部空心，影响植株生长，严重时植株死亡。
芹菜茎开裂及缺硼症主要危害芹菜茎部，导致茎部开裂，影响植株生长，严重时植株死亡。
芹菜常见病虫害的防治方法包括选用抗病品种、种子处理、加强田间管理、及时清除病残体、合理轮作、使用生物农药和化学农药等。具体防治措施应根据病虫害种类和发生情况选择适当的防治方法。
