芹菜软腐病又称“烂疙瘩”，属细菌性病害，一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。主要发生于叶柄基部或茎上。培士不宜过高，以免把叶柄埋入土中，雨后及时排水；发现病株及时挖除并撒入石灰消毒；发病期减少或暂停浇水。发病初期开始喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂，隔7~10天1次，连续防治2~3次。采收前3天停止用药。
芹菜软腐病在保护地和露地均有发生。夏、秋露地较常见，冬季保护地发病更为严重。芹菜种植密度和土壤湿度过大，连作或与十字花科、茄科等蔬菜轮作，机械损伤或昆虫为害，芹菜容易发病。病菌适宜生存温度为25℃～30℃，阴雨连绵、地面潮湿的情况下最易致病，重茬、低洼、连续阴天下雨、农事操作粗糙的地块发病重。
