葱蝇属寡食性害虫，仅为害葱蒜类等百合科蔬菜。在栽植大葱时应避免与葱蒜类重茬，并深翻晒垡或冻垡土壤，施入充分腐熟的有机肥料。成虫盛发期不宜追施粪肥，以防诱集成虫产卵。
在起苗、栽植及田间管理过程中，要防止植株受伤招引成虫产卵。种株贮藏期间要防止腐烂，及时拣除损伤和腐烂的残病株叶。在田间管理时，适时浇水，防止土壤干裂伤根。控水蹲苗时可适当中耕，以防土壤板结。有蛆时可进行漫灌，特别是随水加入硫酸铵或硫酸亚铁，可防葱蝇幼虫为害。此外，可在大葱根部覆盖新鲜草木灰防治葱蝇入侵葱田。
在成虫羽化盛期，可用2.5%溴氰菊酯3000倍液喷雾防治。对于已发生葱蛆的葱田，可选用50%辛硫磷800倍液、80%敌百虫可湿性粉剂1000倍液、40%乐果乳油1000倍液喷雾防治，或用50%辛硫磷1000倍液或40%甲基异柳磷1000倍液灌根。
