大葱种植主要病害有霜霉病、疫病、叶枯病、软腐病、紫斑病、锈病、黑斑病、叶霉病、炭疽病、叶腐病、菌核病、黄矮病、灰霉病、病毒病等。虫害以蓟马、潜叶蝇、青虫、葱线虫、葱蛆、斑潜叶蝇、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等为主。