玉米穗腐病的发病条件是低温高湿。玉米丝核菌以休眠菌丝和菌核在籽粒、土壤或植物残体上越冬，大多为表面生。温暖、潮湿的天气有利于该菌的侵染和病害扩展。发病后病部产生的病原菌借风雨传播蔓延，进行再侵染。病原菌发育适温25-30°C，相对湿度高于85%易发病。
温度在15-28℃，相对湿度在75%以上，有利于病菌的侵染和流行。玉米灌浆成熟阶段遇到连续阴雨天气，发生严重；高温多雨以及玉米虫害发生偏重的年份，玉米穗腐病发生较重。玉米粒没有晒干，人库时含水量偏高，以及储藏期仓库密封不严，库内温度高，也利于各种霉菌腐生蔓延，引起玉米穗腐病或发霉。
花丝多、苞叶长而厚、穗轴含水量高、籽粒排列紧密、水分散失慢的玉米品种易感病；花丝少、苞叶薄、雌穗顶部籽粒外露、收获前雌穗已成熟下垂，雨水不易淋入的品种抗病性较强；地膜覆盖和适期早播的发病轻。
玉米种子带菌，病残体为初侵染源，主要是气流传染病害。传播途径，一是病原从玉米根部侵染，传到果穗再扩散到穗轴和籽粒。二是气流、雨水侵入花丝，花丝进入果穗内部侵染。三是玉米虫害等造成伤口病菌侵入。温度在5℃-30℃均可萌发，温度为5℃时萌发率为7%，病原日生长量0.5毫米，但不产生孢子，温度在10℃时日生长量2.2毫米，并产生孢子。湿度在40%-100%时均可萌发，40%时萌发率为7.3%，湿度40%以下，生长量小。
