病毒病存在于南瓜的整个生育期，其病症相对明显。新出生的叶片呈花叶状，出现黄斑或深浅相间的斑驳花叶，沿叶脉出现浓绿色隆起皱纹，呈畸形；果实多为畸形，表面有凹凸不平的瘤状物，瓜面呈橙红色和深绿色相嵌斑驳。侵染叶片产生黄化带引起严重花叶，果实表面瘤状凸凹不平、畸形。被侵染植物产量大幅降低，感染植株叶缘坏死，系统花叶，及疮状突起，果实严重扭曲。
南瓜病毒病因种类不同，表现的症状各有差异，主要有花叶型、皱缩型、绿斑型和黄化型等。花叶型表现为叶片上出现黄绿相间的花叶斑驳，叶片成熟后叶小，皱缩，边缘卷曲；果实上表现为瓜条出现深浅绿色相间的花斑。皱缩型多出现在成株期，叶片出现皱缩，病部出现隆起绿黄相间斑驳，叶片边缘难于开展，同时叶片变厚、叶色变浓。
病毒病症状大体上有3种类型：一是花叶型，多由西瓜花叶病毒2号引起，表现严重的花叶，叶片黄绿相间，绿色部分凸起，形成疱斑，植株矮化，叶片畸形，果实小而畸形，并有许多瘤状突起，果面凸凹不平；二是蕨叶型。
