消毒剂的品种繁多，主要分为氯制剂和非氯制剂两大类。氯制剂包括氯气、次氯酸钠、氯酸钠、三氯生、洗必泰等；非氯制剂则有过氧化物（如双氧水、过氧乙酸）、环氧化物（如环氧乙烷）、酚类（如液态石炭酸、甲酚）、醇类（如乙醇、异丙醇）、醛类（甲醛水、戊二醛）、表面活性剂类（如氯化苄烷铵、氯化苄乙氧铵、烷基聚酰胺乙基乙铵酸）以及碘伏等。
消毒剂的作用机理多样，主要包括：与微生物细胞浆的蛋白质结合阻碍细胞功能；酸化引起微生物细胞阻碍；水解细菌及原虫细胞成分；透过微生物细胞膜溶解细胞浆；使微生物蛋白凝固或变性；破坏微生物的酶系统。
消毒方法分为物理消毒法（光照、加热、焚烧、滤过）和化学消毒法（氯制剂类、碘制剂类、氧化剂类、醛类、酸类、碱类、醇类、酚类、表面活性剂）。按用途分类，消毒剂可分为环境消毒剂和带畜(禽)体表消毒剂；按杀菌能力分类，可分为高效(水平)消毒剂，能杀灭包括细菌芽胞在内的各种微生物。
常用的兽用消毒药主要包括酚、醛、醇、酸、碱、氯制剂、碘制剂、重金属盐类、表面活性剂等类型。酚类消毒剂通过使病原微生物的蛋白变性、沉淀而起杀菌作用，能杀死一般细菌，复合酚能杀灭芽胞、病毒和真菌。