防治方法：施足基础肥，增加磷肥、钾肥用量。做好间作、除草、培土工作，下移2-3片叶片，降低田间相对湿度，使植株强壮，提高抗病性。早发性的选择50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或农业水阻力120200倍液，每10天喷一次，连续2-3次。
田间卫生：玉米收获后彻底清除田间病株残体，并集中销毁，或彻底深翻，将病残体埋入土中，加速病菌分解；用秸秆做堆肥时必须经高温发酵杀死病菌。
田间管理：与矮秆作物进行套种，增加通风透光，降低田间湿度，有效抑制和减轻黑斑病的发生。适时早播可使玉米提早抽雄，避开7~8月份的高温多雨天气，尤其对夏玉米避病和增产具有明显作用。
施肥管理：施足底肥，适时追肥，防止后期脱肥，多施农家肥，保证植株生长健壮。
药剂防治：可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或25%粉锈宁可湿性粉剂1000倍液，或40%敌瘟磷(克瘟散)乳油500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，7~10天1次，连续防治2~3次，用足药量。
玉米黑穗病防治：选用抗病品种，增施有机肥和磷钾肥，清除病残体，合理密植，加强肥水管理，使用包衣种子，发病初期用笨醚甲环唑等农药喷施防治。
