冬季生长的病虫害发生较少，而春夏季栽培的西芹发生的病虫较多。做好轮作，施足基肥，大棚栽培调控温湿度，少量发生注意用药喷雾可达到防控指标。芹菜常见的病虫害有斑枯病、菌核病、软腐病、病毒病、空心、叶柄开裂及缺硼等。播种前用48℃的温水浸种30分钟，可有效杀死种子上的病原菌。前期种植尽量选择抗病性较强的品种；后期发现病体及时清除，注意空气流通；可用药物喷剂预防与治愈。常见的虫害主要有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等。防治措施：可用吡虫啉、蚜螨虫威、斑潜净等药物喷剂除杀。
芹菜病虫害防治：
1.斑枯病：主要危害叶片。初发时，叶片病斑呈圆形或不规则形，边缘明显，黄褐色，中央灰白色，上散生黑色小点。冷凉高湿、多雨或植株衰弱时发病重。防治方法是加强田间管理，施足底肥，合理追肥，增强植株抗病力。
2.菌核病：症状是危害芹菜茎、叶。受害部初呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面生出白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菌核萌发温度5-20度，15度最适。
