甘蔗黑穗病主要危害蔗茎梢部。蔗株感染后,早期表现为叶淡绿、细长,分蘖增多,茎细小,萌芽增生等症状。最明显的特征是病蔗梢部具有一条向下卷曲的黑色鞭状物,长度可由10至100厘米,似铅笔般粗细。鞭中央由薄壁组织或维管束组织构成的心柱,外围包着一层厚垣孢子。初长出时呈白色,外表有银灰色薄膜包裹,后期成熟变黑色,薄膜破裂散出黑粉,即病菌的厚垣孢子。黑粉散尽后,剩下灰白色维管束纤维组织。黑穗病属真菌性病害,担子菌亚门,以蔗茎顶端生长出的黑色鞭状物为明显特征,黑穗短者笔直,长者卷曲或弯曲,无分枝。感病蔗种萌发较早,蔗株生长纤弱,叶片狭长,色淡绿,节间短。宿根蔗、分蘖茎和干旱、瘦瘠且管理差的蔗田发病较多。高温高湿、雨季或蔗田积水、旱后多雨等条件有利于病害发生,传播媒介主要是气流。